O esquema depende da idade no momento da aplicação da primeira dose da vacina:

• Meninos e meninas entre 9 e 14 anos, 11 meses e 29 dias de idade: duas doses, sendo a segunda dose administrada 6 meses após a primeira dose (esquema 0-6 meses). Na falta de HPV Quadrivalente, a aplicação de reforço usando a HPV Nonavalente é segura, no entanto, completa a proteção apenas para os quatro tipos comuns às duas vacinas;
• Pessoas de 15 a 45 anos de idade: três doses da vacina, sendo a primeira dose em data a escolher, a segunda dose dois meses após a primeira e a terceira dose seis meses após a primeira dose (esquema 0, 2 e 6 meses). Todas as três doses devem ser administradas dentro do período de 1 ano. O intervalo mínimo entre a primeira e a segunda dose é de um mês. Entre a segunda e a terceira o intervalo mínimo é de três meses. Na falta de HPV Quadrivalente, a aplicação de uma ou duas doses de reforço (a depender da idade) da HPV Nonavalente é segura, no entanto, completa a proteção apenas para os quatro tipos comuns às duas vacinas.